ساختمان این موزه، که در کنار موزه‌ی تاریخ طبیعی قرار گرفته است، در دوران صفویه ساخته شد. در زمان قاجار تغییرات زیادی بر روی این بنا اعمال شد و در نهایت در سال 1373، به همت شهرداری اصفهان، این ساختمان به عنوان موزه‌ی هنرهای معاصر کار خود را آغاز کرد. بخش‌های دائمی شامل کتابخانه، مدیریت و سالن کنفرانس است. هفت اتاق نمایش عبارت‌اند از: خوشنویسی و تحریر، آثار دستبافت و گلدوزی، نقاشی مینیاتور، آثار فلزی، شیشه، ظروف سفالی و چینی و آثار چوبی همگی در این موزه نمایش داده می‌شوند. بخش اول موزه شامل مجموعه‌ای از قطعات، اوراق و کتاب‌های قرآن با خط محمد مومن ابهری، کتاب‌های احادیث، شعر و ادعیه است که با خط‌های تراز یزدی، شفیع تبریزی، میرعماد و دخترش به نمایش گذاشته شده است. برگزاری نمایشگاه‌های استانی، ملی و جهانی، همایش‌های اختصاصی در رشته‌های مختلف هنری، گردآوری، حفاظت، مرمت و نمایش آثار تاریخی، معرفی هنرهای معاصر به مردم، تحقیق در زمینه‌های مختلف هنری و فراهم کردن مکان مناسب برای دورهمی‌های جامعه هنرمندان از جمله ویژگی‌ها و برنامه‌های این موزه است. جالب است که در میان فعالیت‌های جاری موزه، این بنا دارای یک کتابخانه با ‍۱۵۰۰ جلد کتاب است.